作農業使用的農地移轉與自然人時，得向土地所在地之區公所申請「農業用地作農業使用證明書」(下稱農用證明書)，並於農用證明書核發之日起的6個月內，持向稅捐機關申請不課徵土地增值稅，但在取得農地後於持有期間被查獲未作農業使用，且未在有關機關規定期限內恢復作農業使用，或雖然在限期內恢復作農業使用，事後再被查獲未作農業使用，則土地於再移轉時，就必須繳納土地增值稅。
新竹市稅務局表示，不課徵土地增值稅之效果僅為延緩課徵，並非實質免徵稅款，故民眾如取得農地被查獲未作農業使用，且未於限期內改善或改善後再被查獲未作農業使用，於出售前始恢復作農業使用，雖取得農用證明書，於再移轉仍應課徵土地增值稅，且以該土地最近一次課徵土地增值稅時核定之申報移轉現值為前次計課土地增值稅。
稅務局舉例，某甲於72年依一般買賣取得A農地（土地現值為1,200元/m2），於99年將A農地依不課徵土地增值稅規定出售給某乙（土地現值為2,500元/m2），100年5月A農地被查獲出租供停車使用，且未在農業主管機關規定期限100年8月前恢復農用，嗣後某乙於111年出售A農地，即使取得區公所核發之農用證明書，但因持有期間未作農業使用且逾限未恢復農業使用，A農地移轉時已不符合農地不課徵土地增值稅規定，必須以A農地72年，即最近一次課徵土地增值稅時核定之公告現值1,200m2為前次移轉現值計課土地增值稅。
稅務局特別提醒民眾，農業用地應持續作農業使用，才能避免於再移轉時，因不符規定而不得申請不課徵土地增值稅，致權益受損，民眾如有任何疑問，請洽新竹市稅務局網站、AI智能客服或撥03-5225161分機332、0800-000321、1999市民服務專線，將有專人竭誠為您服務。