配合「地方制度法」及「新竹市政府組織自治條例暨編制表」之修正，新竹市稅捐稽徵處更名為『新竹市稅務局』，並溯自97年7月1日生效。
營業稅移撥財政部各地區國稅局自行稽徵，本處配合移撥編制員額21人，並應業務需要辦理組織修編，改設10課4室，不設股，編制員額111人，經新竹市政府同年4月24日修正發布，並溯自92年4月12日生效。
銓敘部90法四字第2014378號書函略以：「…一股至少應有五人以上。」本處爰配合進行組織修編，改設7課4室17股，編制員額132人，經新竹市政府90年8月31日修正發布，並溯自民國90年1月28日施行。
「地方行政機關組織準則」第17條修訂發布:「縣(市)政府一級單位下得設課、隊，最多不得超過七個；其所屬一級機關下得設課、室或其他特殊單位，除清潔隊外，課、室或其他特殊單位人數達十人以上者，得分股辦事。」本處爰依前開規定修正組織編制，維持原編制員額132人，改設7課4室，不設股。
新竹縣稅捐處竹北辦公大樓啟用，同年3月18日與本處正式分署辦公。本處組織架構與編制員額不變，址設新竹市中正路128號。民國81年9月1日，財政部成立台灣省北、中、南三區國稅局負責稽徵營利事業所得稅、綜合所得稅、遺產稅、贈與稅、貨物稅、證券交易稅等國稅，本處配合移撥編制員額54人，組織架構改制為7課4室24股，編制員額132人。
新竹縣（市）改制，民國73年新竹縣市稅捐處合署辦公，本處當時組織架構依「台灣省各縣市稅捐稽徵處組織規程」規定，設5課5室。民國76年1月1日起本省各稅捐稽徵處實施功能分工編組，本處爰修訂組織編制改設8課3室32股，編制員額為186人。
全省行政區域重新劃分，原新竹市與新竹縣轄芎林、竹東、橫山、北埔、峨眉、關西、新埔、新豐、竹北、湖口、尖石、五峰等鄉鎮，合併為新的新竹縣區域。於同年10月25日由新竹市稅捐稽徵處改制為新竹縣稅捐稽徵處，址設新竹市中正路120號。
